הגן הבוטני יושב בכניסה לשכונת "ניות" ליד האוניברסיטה העברית, קמפוס גבעת רם (הכניסה דרך הפנייה לתחנת הדלק בצומת ניות)
כתובת
יהודה בורלא 1, ירושלים

בווייז
חניון מבקרים הגן הבוטני
דרך מנדל (ישראל) קפלן, ירושלים

להגעה בתחבורה ציבורית - קווי אוטובוס:
לרחוב הרצוג
17, 19, 92 (לרדת בצומת ניות)
לרחוב יהודה בורלא
9 (לרדת בתחנת בורלא/דודזון)
לרחוב בצלאל בזק
9, 42, 91 (לרדת בתחנת בזק/זלמן שניאור)
קו 490 אשר מגיע ישירות מתל אביב לגן.

חניות מומלצות:
מוזיאון ישראל, רופין 11 ירושלים.
הספרייה הלאומית ירושלים, קפלן \ רופין - ירושלים.
* משני החניונים, על מנת להגיע לגן בתחבורת ציבורית ולא בהליכה ברגל:
ממוזיאון ישראל לגן הבוטני:
* קו 90 מהתחנה ברחוב וייז מול המוזיאון. בימי חמישי בערב פועל בתדירות יפה של כל 15 דקות עד סביבות 22:00 וכל 20 דקות לאחר מכן. במוצ"ש מתחיל לפעול בסביבות 18:45 באותן תדירויות.
* או קו 9 מהתחנה ברופין ליד הספריה הלאומית. כל 20 דקות
רשימת הקווים שמגיעים לאזור הגן הבוטני מרחבי העיר: 9, 17, 19, 42, 90, 91, 92, 509, 517